規則構造のネットワークMDシミュレーション用スクリプトを書き直しました。
説明のページ

三分岐構造であるK4構造のダブルネットワークである以下のもの

とか、ダイヤモンド構造の四分岐構造の

を初期構造として、MDシミュレーションができます。

以前に汚いスクリプトを書いていたのですが、今回、全面的に見直しました。
ご興味があれば、見てやってください。